這項調查前年11月起至去年12月進行，先針對四縣市45條有高污染風險灌溉水渠，篩選其中四條進行調查，包括桃園新庄子溪流域中福河水三給排、新竹客雅溪流域汀甫圳、台中烏溪詹厝園圳、彰化洋仔厝溪頂番婆，共121個監測點，「進行灌溉水及底泥」檢測，另選十六個點進行農地「土壤污染」採樣，結果「底泥污染」嚴重。
調查單位再根據「底泥污染水渠」流經區域，進一步進行「高污染潛勢監視點」（重金屬污染高風險地區）面積估計，桃園蘆竹鄉有78公頃、台中大里有97公頃、彰化包括和美及花壇共472公頃，合計647公頃，其中十三公頃為風險最高地區。環保署土污基管會執行秘書蔡鴻德表示，「底泥污染」應該是長時間累積所致，這些重金屬包括銅、鉛、鋅、鉻、鎳等，在大雨或灌溉時，容易溢流到旁邊農地，造成農地污染，環保署已建議農田水利會要定期清除底泥。
「灌溉水」重金屬超出標準，比率為13.2％，以鋅濃度較高，除了工廠惡意排放之外，現行放流水標準與灌溉水標準差距過大，部分重金屬放流水如果流經水量較低的渠道，因稀釋作用不佳，容易導致農地受到污染。
「農地土壤重金屬」超出標準比率為18.8％，除了銅、鋅、鎳外，部分農地甚至檢驗出鉛含量超出標準，對人體危害較大。蔡鴻德說，只要檢驗出遭到重金屬污染，這些農地立刻就停耕，每公頃補償九萬元，估計約百公頃農地已經停耕。
個別縣市而言，彰化縣最嚴重。蔡鴻德表示，彰化電鍍工廠林立，工廠多將電鍍廢水直接排入灌溉渠道，導致污染嚴重，環保署今年將投入五千萬元進行彰化地區污染農地整治，面積約一百公頃，另將投入一千八百萬元，進行桃園縣污染農地整治。
〔張聰秋、湯世名、李容萍、陳文正、陳建志／自由3.1.2009摘要〕根據環保署進行的農田「高污染潛勢監視點」估計調查，彰化縣、桃園縣、新竹市和台中縣都有「農地底泥污染」的問題，各縣府也都坦言，灌溉與排水沒有分離，是問題所在。
彰化縣估算出472公頃面積，是最為嚴重的縣市，彰化縣政府環保局表示，高風險區不代表都已受污染，被確認為污染源的面積，近幾年陸續整治完成，尚有一百公頃未整治，今年會繼續整治。
不過，民眾仍非常擔憂，高風險區尚未被檢測出為污染農田，無須被禁耕，也沒有被環保單位列管公告，這些農田目前仍正常耕種收成，不敢保證這些農田沒有污染源存在，卻因空窗期，讓「鎘米事件」重演。
彰化農田水利會總幹事黃保華指出，要徹底解決縣內重金屬污染，就應該全面實施灌溉與排水分離，但十多年前即需要經費十多億元，現今所需經費恐更龐大，希望政府要拿出魄力徹底解決重金屬污染問題。
桃園農田水利會坐落蘆竹鄉別名?林大池的兩支線，兩分線八號池排水溝，經環保署檢測為農地重金屬污染嚴重的排水溝，水利會也曾檢測發現該池的土壤特別黑，這幾年來，該池塘的池水幾乎未再作為灌溉水使用。桃園縣政府環保局則說，灌溉渠底泥會含有重金屬，原因在於灌、排不分，該局核發工廠的排放許可前，只要渠道屬水利會灌溉渠，都會先經水利會同意後再核發。
台中縣大里市有九十七公頃的土地，列為重金屬污染高風險地區。台中農田水利會表示，幾年前「大突寮圳」就遭檢測出重金屬含量過高，當時除立即休耕，並將作物銷毀，還特別委外清除底泥，之後再種植綠肥改善土質，部分農地經休耕改善後，污染狀況已符合標準，尚有污染疑慮的農田，仍在休耕改善中。
